Στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας λειτουργούν
Δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών
- Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Ιστορική Έρευνα,
το οποίο περιλαμβάνει τρεις ειδικέυσεις:
1η Ειδίκευση: Αρχαίας Ελληνικής και Ρωμαϊκής Ιστορίας
2η Ειδίκευση: Βυζαντινής και Μεσαιωνικής Ιστορίας
3η Ειδίκευση: Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας
- Πρόγραμμα Μεταπτυχαικών Σπουδών στην Αρχαιολογία, Τέχνη και Πολιτισμό
το οποίο περιλαμβάνει τρείς ειδικεύσεις:
1η Ειδίκευση: Προϊστορική Αρχαιολογία
2η Ειδίκευση: Κλασική Αρχαιολογία
3η Ειδίκευση: Βυζαντινή Αρχαιολογία