Η Παγώνα Παπαδοπούλου απέκτησε το πρώτο πτυχίο της στην Ιστορία και Αρχαιολογία από το Πανεπιστήμιο Αθηνών (2000). Εκπόνησε τις μεταπτυχιακές και διδακτορικές της σπουδές στο Πανεπιστήμιο Paris I – Panthéon-Sorbonne (Γαλλία), όπου απέκτησε το διδακτορικό της δίπλωμα με θέμα «De l’unité à l’éclatement : la monnaie et son usage dans le monde byzantin (1092-1261)» (2007). Υπήρξε υπότροφος του Ιδρύματος Λίλιαν Βουδούρη (2001-2) και του Ι.Κ.Υ. (2003-6), και fellow στο Dumbarton Oaks, Harvard University (2006-7), στο Research Center for Anatolian Civilizations, Koç University (2007-8) και στο Center for Hellenic Studies, Princeton University (2008-9). Το διάστημα 2009-2013 δίδαξε βυζαντινή ιστορία και βυζαντινή αρχαιολογία στα Πανεπιστήμια Αθηνών, Πατρών, Κρήτης, Πελοποννήσου, Κύπρου και στο Ανοικτό Πανεπιστήμιο Κύπρου, ενώ το 2014 εργάστηκε ως μεταδιδακτορική ερευνήτρια στον Τομέα Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Το Μάρτιο του 2011 εξελέγη λέκτορας με γνωστικό αντικείμενο τη βυζαντινή αρχαιολογία και τέχνη στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, όπου και υπηρετεί από τον Ιούλιο του 2014 (ΦΕΚ 822, τ. Γ΄/ 1-7-2014). Συμμετέχει ως νομισματολόγος σε ανασκαφές στην Αλβανία (Βουθρωτός, Δυρράχιο), στην Ελλάδα (Αγορά των Αθηνών, Φίλιπποι), στην Κύπρο (κιστερσιανή μονή Αγ. Θεοδώρου, Λευκωσία), στην Κριμαία (Χερσώνα) και στην Τουρκία (Αναία/Kadıkalesi), ενώ συνεργάζεται με το Cabinet des Médailles της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Γαλλίας και το Εθνικό Μουσείο Βελιγραδίου για τη δημοσίευση μέρους των νομισματικών συλλογών τους.
Ανασκαφές: Πανεπιστημιακή ανασκαφή Φιλίππων, Αγορά των Αθηνών, Βουθρωτός και Δυρράχιο (Αλβανία), κιστερκιανή μονή Αγ. Θεοδώρου (Λευκωσία), Χερσώνα (Κριμαία), Αναία/Kadıkalesi (Τουρκία). Ερευνητικά προγράμματα: Art of the Crusades. A Re-evaluation (Getty Foundation & SOAS)• Τα αργυρά νομίσματα των βασιλέων της Κύπρου: νομισματική και ιστορία της αρχαϊκής και κλασικής περιόδου, 6ος-4ος αι. π.Χ. (EIE)• Material Culture, Consumption and Social Change: New Approaches towards Byzantine and Ottoman Archaeology in the Mediterranean (Πανεπιστήμιο Leiden).
ΑΒΥ 701. Ειδικά θέματα Βυζαντινής αρχαιολογίας Ι [εαρινό εξ.]
- Coinage and Ideology after 1204 / Νόμισμα και ιδεολογία μετά το 1204 [Ελληνική Νομισματική Εταιρεία Μονογραφίες 6], Αθήνα (υπό δημοσίευση).
- Coinage, Numismatic Circulation and Monetary Policy under John II, A. Bucossi - A. Rodriguez Suarez (επιμ.), John II Komnenos, Emperor of Byzantium: In the shadow of his father and his son, Farnham, 183-200 (υπό δημοσίευση).
- Betwixt Greeks, Saracens and Crusaders: Lusignan Coinage and its Place in the Eastern Mediterranean (1192 – 1324), G. Grivaud (επιμ.), France de Chypre, 1192-1474 [= Cahiers du Centre des Études Chypriotes 43 (2013)], 473-492.
- The numismatic evidence from Southern Adriatic (V-XI centuries): some preliminary observations and thoughts, S. Gelichi - R. Hodges (επιμ.), “From One Sea to Another. Trade Centres in the European and Mediterranean Early Middle Ages”, Turnhout 2012, 297-320.
- Five Lead Seals from Byzantine Butrint (Albania), Studies in Byzantine Sigillography 11 (2012), 133-142.