Στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) σύμφωνα με τις διατάξεις των αρθρ. 10 έως 12 του Ν. 2083/92.

Το Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας περιλαμβάνει τους επιστημονικούς κλάδους

•    της Ιστορίας και
•    της Αρχαιολογίας και της Ιστορίας της Τέχνης.

Σκοπός του είναι:

1.    Η εξειδικευμένη σε βάθος καρτάρτιση των πτυχιούχων στους επιστημονικούς κλάδους του Τμήματος.
2.    Η επαγγελματική κατάρτιση σε συγκεκριμμένους Τομείς των γνωστικών αντικειμένων του Τμήματος.
3.    Η προώθηση νέων Τεχνολογιών στην έρευνα και μελέτη των Ανθρωπιστικών επιστημών.
4.    Συνάρθρωση της μελέτης των γνωστικών αντικειμένων του Τμήματος με το περιβάλλον, φυσικό και ανθρωπογενές στην ιστορική του προοπτική.

Το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει δύο κύκλους σπουδών οι οποίοι οδηγούν:

•    Στο Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.)
•    Στο Διδακτορικό Δίπλωμα (Δ.Δ.) το οποίο είναι ενιαίο και ανεξάρτητο από την ειδίκευση.

Το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει τις ακόλουθες ειδικεύσεις:

Α. Στον κλάδο της Ιστορίας
1. Αρχαία Ιστορία
2. Βυζαντινή και Μεσαιωνική Ιστορία
3. Νεότερη και Σύγχρονη Ελληνική και Παγκόσμια Ιστορία
4. Ιστορία Χωρών Χερσονήσου του Αίμου και Τουρκολογία.
5. Λαογραφία και Κοινωνική Ανθρωπολογία

Β. Στον κλάδο της Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης

1. Προϊστορική Αρχαιολογία
2. Κλασική Αρχαιολογία
3. Βυζαντινή Αρχαιολογία
4. Ιστορία της Τέχνης
5. Ιστορία του Ανθρωπογενούς Περιβάλλοντος

Στο Πρόγραμμα Π.Μ.Σ. εγγράφονται πτυχιούχοι του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας καθώς και όλων των άλλων Τμημάτων των Α.Ε.Ι. της ημεδαπής ή ισοτίμων Τμημάτων της Αλλοδαπής εφόσον υπάρχει ισοτιμία του πτυχίου που έχει χορηγηθεί από το Δ.O.Α.Τ.Α.Π. (πρώην ΔΙΚΑΤΣΑ).
Η ύλη των εξετάσεων και η προκήρυξη των θέσεων κατά κλάδο και ειδίκευση δημοσιοποιείται κατά το μήνα Μάϊο κάθε έτους.
Oι εξετάσεις του Πρώτου Κύκλου του Π.Μ.Σ. γίνονται το αΔ δεκαήμερο του Oκτωβρίου.

Oι αιτήσεις των υποψηφίων κατατίθενται στη Γραμματεία του Τμήματος από 1-30 Σεπτεμβρίου κάθε έτους. Στην αίτηση αναφέρεται η Ειδίκευση και η Ξένη Γλώσσα στην οποία επιθυμεί να εξετασθεί ο υποψήφιος.