Πτυχίο Αρχαιολογίας από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ. το 1995. Δίπλωμα μεταπτυχιακών σπουδών στην Κλασική Αρχαιολογία από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ. το 2000 και διδακτορικός τίτλος το 2007. Εργάστηκα ως αρχαιολόγος με σύμβαση εργασίας στην Εφορεία Αρχαιοτήτων της Θεσσαλονίκης (1998-2004) και ως διορισμένη καθηγήτρια στη Διεύθυνση Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Θεσσαλονίκης (2004-2010). Το 2011 διορίστηκα Λέκτορας στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ., ενώ το 2015 εξελίχθηκα στη βαθμίδα της επίκουρης καθηγήτριας. Το 2018 έγινα μόνιμη επίκουρη καθηγήτρια. Συμμετείχα σε ερευνητικά προγράμματα της Επιτροπής Ερευνών για την ελληνιστική και ρωμαϊκή Θεσσαλονίκη, την οργάνωση του αρχαιολογικού πάρκου στο Δίον, τη μελέτη των πορτρέτων του Εθνικού Μουσείου και ήμουν επιστημονική υπεύθυνη ερευνητικού προγράμματος για τη μελέτη και δημοσίευση των σαρκοφάγων της Νικόπολης. Επίσης συμμετείχα στο ερευνητικό πρόγραμμα της ΓΓΕΤ Αριστεία ΙΙ με τίτλο: Γλυπτική και κοινωνία στη ρωμαϊκή Ελλάδα. Από το 2020 συμμετέχω στο ερευνητικό πρόγραμμα του ΕΛΙΔΕΚ με τίτλο: Μαρτυρίες της θρησκευτικής, πολιτικής και κοινωνικής ζωής του Δίου. Ψηφιακή επεξεργασία και ανάλυση των συμφραζόμενων των επιγραφικών μνημείων. Το 2015 δημοσιεύτηκε από την Αρχαιολογική Εταιρεία Αθηνών η μονογραφία Ανασκαφή Νικοπόλεως. Σαρκοφάγοι αττικής και τοπικής παραγωγής (συνδημοσίευση με Θ. Στεφανίδου-Τιβερίου) και το 2016 η μονογραφία Attische Sarkophage mit Eroten und Girlanden στη σειρά Sarkophag-Studien του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου του Βερολίνου
Έχω εργαστεί ως έκτακτη αρχαιολόγος σε πολλές σωστικές ανασκαφές της άλλοτε 16ης Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (σήμερα Εφορεία Θεσσαλονίκης). Από το 2012 συμμετέχω στην Πανεπιστημιακή ανασκαφή Δίου, της οποίας τη Διεύθυνση ανέλαβα το 2020. Είμαι μέλος της ερευνητικής ομάδας μελέτης και δημοσίευσης των αυτοκρατορικών πορτρέτων του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου της Αθήνας, υπεύθυνη της ερευνητικής ομάδας για τη μελέτη και δημοσίευση των ρωμαϊκών γλυπτών του Αρχαιολογικού Μουσείου του Κιλκίς και μέλος της ερευνητικής ομάδας μελέτης και δημοσίευσης των επιγραφών του Δίου.
ΑΚΛ 704. Ρωμαϊκή περίοδος [χειμερινό εξ.]
- Ελένη Παπαγιάννη στο: Θ. Στεφανίδου-Τιβερίου – Εμμ. Βουτυράς (επιμ.), Κατάλογος γλυπτών του Αρχαιολογικού Μουσείου Θεσσαλονίκης IV (Θεσσαλονίκη 2020) 21-22, 54-56, 67-68, 122-124, 201-202, 204-205, 207-208, 231-232, 255-257, 274-276, 283-287, 288-292, 299-300, 325-327, 347-349, 357-358, 360, 363-364, 364-379, 380-383, 385-386, 388-392, 423-425, 429-435, 437-439, 442-443, 475-476, 527-528, 530-531, 535-536, 538, 542-543, 555-556, 566-567, 583-590.
- Ελένη Παπαγιάννη, Ingenui και liberti σε επιτύμβια ανάγλυφα της ύστερης ελληνιστικής και της πρώιμης αυτοκρατορικής εποχής από τη Θεσσαλονίκη, στο: Εμμ. Βουτυράς – Ε. Παπαγιάννη – Ν. Καζακίδη (επιμ.), Bonae Gratiae. Μελέτες ρωμαϊκής γλυπτικής προς τιμήν της καθηγήτριας Θεοδοσίας Στεφανίδου-Τιβερίου (Θεσσαλονίκη 2017) 249-260.
- Ελένη Παπαγιάννη, Ταφικά ανάγλυφα από το Δίον και την ευρύτερη περιοχή του. Η τοπική παραγωγή, στο: Π. Καραναστάση – Θ. Στεφανίδου-Τιβερίου – Δ. Δαμάσκος (επιμ.), Γλυπτική και κοινωνία στη Ρωμαϊκή Ελλάδα: καλλιτεχνικά προϊόντα, κοινωνικές προβολές. Πρακτικά Διεθνούς Συνεδρίου, Ρέθυμνο, 26-28 Σεπτεμβρίου 2014 (Θεσσαλονίκη 2018) 181-194.
- Eleni Papagianni, Men in Roman Costume: unknown togate images from Greece, στο: V. Gaggadis-Robin – N. De Larquier (επιμ.), La sculpture et ses remplois. Actes des IIes rencontres autour de la sculpture romaine (Bordeaux 2019) 245-258.
- Eleni Papagianni, The Iconography of the attacking Rider on Funerary Monuments from Roman Macedonia, στο: S. Nemeti κ.ά. (επιμ.), The Roman provinces –Mechanisms of Integration (Cluj-Napoca 2019) 333-345.